Phakopsora pachyrhizi is the major pathogen associated with soybean rust in Colombia

Abstract

Soybean crops grown in the plains of eastern Colombia have been affected by the incidence of rust. This disease, still officially regarded as American soybean rust (caused by Phakopsora meibomiae) by the Colombian Department of Agriculture (ICA), causes serious damage to soybean growing areas. Symptoms of rust, such as reddish-brown lesions, have been observed since 2004 in the upper half of plants during vegetative stages. In 2005 and 2018, infected leaf tissues and uredinospores were collected from an experimental area and from commercial soybean fields. Once morphological identification and Koch’s postulates confirmed the presence of Phakopsora spp., molecular characterization was performed to identify the pathogen associated with the disease to species level. This was based on standard procedures using internal transcribed spacer (ITS) regions of rDNA and PCR amplification with specific primers for Phakopsora meibomiae and P. pachyrhizi. The obtained sequences were BLASTed against GenBank/ NCBI data bank. Results indicated that P. pachyrhizi Sydow is in fact the causative agent of soybean rust in Colombia, considering the samples collected in 2005 and 2018. The ITS-rDNA sequences of P. pachyrhizi were deposited at GenBank under the accession numbers MK933723 to MK933731. This finding was reported to ICA, so that they could officially update the phytosanitary status of this soybean pathogen in Colombia.

As culturas de soja produzidas nas planícies do leste da Colômbia vem sendo afetadas pela incidência de ferrugem. A doença, ainda considerada oficialmente, pelo Departamento de Agricultura da Colômbia (ICA) como ferrugem americana (ocasionada pelo fungo Phakopsora meibomiae), causa sérios danos à produção nas áreas de cultivo da soja. Os sintomas têm sido observados desde 2004 na metade superior das plantas durante os estágios vegetativos, como lesões marrom-avermelhadas. Em 2005 e 2018, tecidos foliares infectados e uredinosporos foram coletados em uma área experimental e cultivos comerciais dessa cultura. Uma vez que a identificação morfológica e os postulados de Koch confirmaram a presença de Phakopsora spp., foi realizada uma caracterização molecular para se identificar, a nível de espécie, o patógeno associado à ferrugem da soja. Estes foram baseados em procedimentos padrão com espaçadores de transcrição internos (ITS) do rDNA e amplificação por PCR com primers específicos para P. meibomiae e P. pachyrhizi. As sequências obtidas foram verificados por meio do Blast no site do GenBank/ NCBI. Os resultados indicaram que Phakopsora pachyrhizi Sydow é, de fato, o agente causal da ferrugem da soja na Colômbia, considerando-se as amostras coletadas em 2005 e 2018. As sequências do ITS-rDNA de P. pachyrhizi foram depositadas com os números de acesso do GenBank MK933723 até MK933731. A informação foi repassada ao ICA, para que atualize oficialmente a situação fitossanitária desse patógeno da soja na Colombia.